DJ_SATORUの研究日誌

　アルバイトの関係で、NCBI(国立バイオテクノロジー情報センター)が公開しているWebAPIを使うことになった。
　具体的には、PubMedという文献情報データベースから論文の関連アイテムを集めてきて、論文の関連検索を実装するというもの。

　NCBIが提供しているAPIはかなり充実していて、主に使えそうなのは以下のところかな。

• EInfo：各データベースのフィールドやデータ数、最新更新日などを取得
• ESearch：キーワード等による文献検索
• ESummary：文献の要約情報を取得
• EFetch：文献の詳細情報を取得
• ELink：文献の関連検索
• ESpell：単語を入力とし、その単語に関連する単語を検索

　以下は、参照サイト一覧。

• 「Entrez Programming Utilities (NCBIのサイト内)」
  http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html
• 「NCBI eUtilsで何ができるのか — BONNOH FRACTION 13」
  http://www.fraction.jp/log/archives/2005/05/74

　ちなみに文献の関連アイテムは、以下のようなURLに参照するだけ。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?db=pubmed&id=100000

　URL中のid属性が、関連文献を検索したい文献のIDになる。つまり、この例では文献IDが100000番の文献に関連する文献をXMLにて取得できる。
　更には色んなオプションをつけて、関連検索の検索条件を細かく指定できる。この辺りの仕組みは私もまだ良く分かっていないので、ELinkの解説ページを見ながら試行錯誤かな。

関連記事

None Found